公元1275年，忽必烈再次向日本派遣使團(tuán)，由禮部侍郎杜世忠和兵部侍郎何文著帶領(lǐng)，要求日本稱臣，以免再度興師入侵日本。
公元1275年4月15日, 元朝禮部侍郎杜世忠、兵部郎中何文著一行抵達(dá)日本長(zhǎng)門(mén)國(guó)的室津，他們的計(jì)劃是越過(guò)太宰府，與日本京都朝廷直接進(jìn)行交涉，卻被長(zhǎng)門(mén)守護(hù)押送回太宰府。太宰府接到北條時(shí)宗的命令，又將使團(tuán)成員送至鐮倉(cāng)。
這是忽必烈所派出的使團(tuán)第一次來(lái)到鐮倉(cāng)，但是迎接他們的不是談判桌，甚至不是以往的拒絕，而是日本武士的斬首極刑。這一次，年輕的北條時(shí)宗態(tài)度更為強(qiáng)硬。
公元1275年9月7日，使團(tuán)主要成員共計(jì)五人全部被拉到鐮倉(cāng)郊外的龍口斬首。
臨刑，杜世忠作此絕命詩(shī)篇：
出門(mén)妻子贈(zèng)寒衣，
問(wèn)吾西行幾日歸?
來(lái)時(shí)徜佩黃金印，
莫見(jiàn)蘇秦不下機(jī)。
杜世忠的悲劇一方面是因?yàn)槟桓盀樗麄冏罱某晒Χ湴?相信上帝能挽救他們”，更多是源自于鐮倉(cāng)幕府的武家政權(quán)特質(zhì)。
日本學(xué)者今谷明對(duì)此所作的分析可以說(shuō)是相當(dāng)客觀的：“被置于長(zhǎng)期鎖國(guó)狀態(tài)下的為政者的無(wú)端猜疑，往往容易引起國(guó)家之間的悲劇 多次殺害元使節(jié)的得宗政權(quán)就是其典型。既然殺害了外交使節(jié) 日本方面已經(jīng)違反了規(guī)則，那么文永、弘安的戰(zhàn)爭(zhēng)就不能單純地看作元的單方面侵略了�！�
在被北條時(shí)宗處死的使者中，有漢人也有高麗人，還有畏吾兒人。
忽必烈不可能忍受這般侮辱。
在當(dāng)時(shí)，蒙古人作為一支古樸的民族，其殺戮成性代表了它落后的一面，但是他們也更加堅(jiān)定地認(rèn)為斬除使者是兩國(guó)交往的大忌，是對(duì)自己最大的污辱。
早在公元1218年，當(dāng)花剌子模國(guó)王處死了成吉思汗的使者和商隊(duì)后，就曾引起成吉思汗的極大憤怒，蒙古帝國(guó)第一次西征即因此而爆發(fā)。
忽必烈與他的祖父一樣，決定不惜一切代價(jià)懲罰日本。他一方面多方招募軍隊(duì)、籌集物資，另一方面決心與日本周旋到底，繼續(xù)“任性”地派遣使者要求日本迅速朝貢稱臣，他似乎是要驗(yàn)證日本人到底能把自己輕視到何種程度。
公元1275年2月末，元世祖忽必烈將由南宋降卒組成的“蠻子軍”一千四百人派往高麗，進(jìn)扎在海州(黃海道海州)、鹽州(同道延安)、白州(同道白川)三地 這三州一直以來(lái)都是蒙古軍團(tuán)的屯田駐地。
9月，大都方面又派人探索到日本的新海路，并命高麗再次修造戰(zhàn)艦。
10月，高麗任命金光遠(yuǎn)為慶尚道都指揮使，負(fù)責(zé)修建戰(zhàn)艦。
11月，高麗王室又向慶尚道征發(fā)羽毛和鐵材。
公元1276年正月，高麗方面突然接到了停止對(duì)日戰(zhàn)備的詔書(shū)。其原因并不在于元世祖忽必烈接受了高麗君臣的“哀哀之訴”，而是因?yàn)樵谥袊?guó)大陸長(zhǎng)江以南的宋元戰(zhàn)場(chǎng)上，元軍自公元1273年2月攻陷襄陽(yáng)后，長(zhǎng)驅(qū)而下直取江南，但戰(zhàn)事進(jìn)展并不順利。江南的江湖人、平民百姓、南宋正規(guī)軍這些民間和官方力量成為元軍阻礙。但戰(zhàn)事畢竟在艱難推進(jìn)，公元1274年正月，南宋安慶府宣告淪陷，府知事范文虎向元朝投降。公元1275年，建康又陷，元軍兵鋒直指南宋首都臨安。一路打來(lái)，南宋軍民堅(jiān)強(qiáng)的抗戰(zhàn)意志，使忽必烈認(rèn)為臨安絕不是那么容易就打得下來(lái)的。所以忽必烈就先停止對(duì)日征伐，以滅亡南宋為要?jiǎng)?wù)。
在忽必烈發(fā)動(dòng)第一次東征日本戰(zhàn)爭(zhēng)的同時(shí)，南宋依然是它的軍事推進(jìn)重心。比如在公元1274年12月，從襄陽(yáng)出發(fā)的伯顏?zhàn)阕懵暑I(lǐng)戰(zhàn)船一萬(wàn)艘戰(zhàn)船進(jìn)入長(zhǎng)江，與南宋水軍進(jìn)行交鋒，而第一次東征日本之時(shí)忽必烈只是派遣了九百艘高麗式戰(zhàn)船。
江南戰(zhàn)區(qū)的軍事進(jìn)展卻比忽必烈預(yù)想的要順利。顯然，隨著襄陽(yáng)、樊城、臨安等重鎮(zhèn)的陷落，南宋朝廷已經(jīng)失去繼續(xù)抵抗的意志。
公元1276年2月5日，與中國(guó)北方政權(quán)對(duì)峙長(zhǎng)達(dá)一個(gè)半世紀(jì)的南宋政權(quán)基本落下帷幕 南宋首都臨安城陷落，七歲的宋恭帝和謝太后在驚恐中向元朝投降。
從海路逃離臨安的陳宜中、張世杰等人，又擁立皇太子為帝，改年號(hào)為景炎元年，在福建、廣東等沿海地區(qū)繼續(xù)抗元活動(dòng)，并且他們手中也有一支不可小視的陸海軍力量。
當(dāng)中國(guó)大陸的戰(zhàn)事沒(méi)有結(jié)束之時(shí)，元朝無(wú)法調(diào)集充分的人力物力開(kāi)辟大規(guī)模的第二戰(zhàn)場(chǎng)。而當(dāng)南宋已經(jīng)基本平定，元朝當(dāng)然要回過(guò)頭來(lái)繼續(xù)進(jìn)行遠(yuǎn)征日本的工作。
公元1277年12月，對(duì)于忽必烈來(lái)說(shuō)，高麗發(fā)生了一件不愉快的變故，可以認(rèn)為是第二次東征日本前的一個(gè)小插曲。
在那里，有人密告高麗將軍金方慶私藏兵器戰(zhàn)艦，試圖攫取高麗政權(quán)，并起兵反元。甚至連高麗國(guó)王對(duì)忽必烈的忠誠(chéng)度也被人猜疑。因證據(jù)不足，一時(shí)未作處理。
第二年1月，與金方慶同朝為將又同樣被元世祖倚重的高麗大將洪荼丘接手了這個(gè)案子。他與金方慶素來(lái)不和，雙方矛盾的焦點(diǎn)在于權(quán)力的爭(zhēng)奪。他以酷刑逼迫金方慶招供，在冰天雪地里金方慶“肌膚凍如潑墨”，但是金方慶這位身經(jīng)百戰(zhàn)的將軍沒(méi)有招供。
忽必烈沒(méi)有聽(tīng)從洪荼丘的一面之詞，將金方慶召回元大都，試圖將金、洪二人矛盾作淡化處理，還給予高麗政府更多的自治權(quán)。這一年，他賜給高麗國(guó)王一枚“駙馬高麗王”金印。
忽必烈未必對(duì)金方慶沒(méi)有絲毫的懷疑，作為一個(gè)在馬背上出身又試圖以“漢法”治國(guó)的帝國(guó)元首，他很清楚人性是什么東西。臣屬的忠誠(chéng)與否，在很大程度上只是取決于皇帝的實(shí)力。
南宋抵抗勢(shì)力終于在公元1279年2月被元軍蕩平。崖山一役，南宋丞相陸秀夫背負(fù)八歲小皇帝跳海赴死，海上浮尸十萬(wàn)眾，給南宋王朝徹底畫(huà)上了**。那位幼小的帝王和他的數(shù)萬(wàn)主動(dòng)赴死的臣民，認(rèn)為自己死得其所。
緊接著，忽必烈命江南的揚(yáng)州、湖南、贛州、泉州四省建造軍艦六百艘備征日本。
日本學(xué)者中島樂(lè)章這樣推測(cè)：“在第二次遠(yuǎn)征日本所用戰(zhàn)船中，東路軍九百艘戰(zhàn)船全部由高麗建造，而可以得到確認(rèn)的江南所造戰(zhàn)船，僅有至元十六年(即1279年)的六百艘，其中泉州所造戰(zhàn)船，僅有五十艘。且不論《元史》中沒(méi)有記載的造船數(shù)，單從當(dāng)時(shí)最大的海港泉州的造船數(shù)僅有五十艘這一點(diǎn)來(lái)看，新建造戰(zhàn)船也不過(guò)數(shù)百艘。而第二次遠(yuǎn)征日本時(shí)，江南戰(zhàn)船總數(shù)竟有三千五百艘，其中大部分極有可能是元軍截獲、接管原南宋水軍的戰(zhàn)船 其中內(nèi)河船舶又居多 由于內(nèi)河戰(zhàn)船吃水較淺，抗暴風(fēng)雨能力較弱 ”
在下達(dá)造船命令之后，元世祖又召見(jiàn)南宋降將范文虎，問(wèn)其東征方案。
作為一名戰(zhàn)將和降將，范文虎當(dāng)然想立即立下戰(zhàn)功，但是他又試圖通過(guò)和平的方式解決日本問(wèn)題。他建議元世祖，在出征之前由他以南宋舊臣的立場(chǎng)再派一次赴日使者，希望能夠說(shuō)服日本來(lái)朝。忽必烈并不反對(duì)。
于是范文虎的兩名使者周福和欒忠被派向日本，在6月下旬到達(dá)博多灣，為表示善意，他們甚至帶了一名日本在華留學(xué)僧一起前來(lái)。
事實(shí)證明，這次出使行動(dòng)是典型的狗尾續(xù)貂、自討無(wú)趣之舉，鐮倉(cāng)幕府已經(jīng)殺過(guò)一批使者，北條時(shí)宗不在乎再殺一批。就連態(tài)度相對(duì)和緩的京都朝廷都認(rèn)為“亡宋舊臣直奉日本帝王之條，誠(chéng)過(guò)分歟!”
周福和欒忠在博多被斬首。
元世祖忽必烈也可能根本對(duì)這次出使沒(méi)有寄予絲毫希望。
公元1281年正月，忽必烈召集阿剌罕、范文虎、忻都、洪荼丘等將領(lǐng)，親自主持召開(kāi)東征日本軍事會(huì)議。
元朝最終確定設(shè)置征日司令部“征收日本行中書(shū)省”，并將東征大軍兵分兩路：一路以洪荼丘、忻都、金方慶為首，率蒙古、高麗、漢軍四萬(wàn)人、舵工水手一萬(wàn)七千人，分乘戰(zhàn)艦九百艘自高麗合浦出港;一路以阿剌罕、范文虎為首，率江南軍十萬(wàn)人、戰(zhàn)船三千五百艘，自寧波港出發(fā)，這批江南軍隊(duì)還受命攜帶農(nóng)具、稻種，意圖赴日屯田，以為長(zhǎng)久之計(jì)。
兩軍約定于6月中旬在壹岐匯合，共同進(jìn)攻博多太宰府。
2月20日，東路軍諸將從大都出發(fā)，臨行前，元世祖忽必烈特地對(duì)他們作了以下說(shuō)明和要求：“始因彼國(guó)使來(lái)，故朝廷亦遣使往，彼遂留我使不還，故使卿輩為此行。朕聞漢人言，取人家國(guó)，欲得百姓土地，若盡殺百姓，徒得地何用。又有一事，朕實(shí)憂之，恐卿輩不和耳。假若彼國(guó)人至，與卿輩有所議，當(dāng)同心協(xié)謀，如出一口答之�！痹雷娴母嬲]簡(jiǎn)而言之為兩點(diǎn)：一、依照漢法，取人國(guó)家，不可濫殺無(wú)辜;二、眾將要戮力同心。
日本方面也并非坐以待斃。在第一次蒙古來(lái)襲的戰(zhàn)事中，幕府執(zhí)權(quán)北條時(shí)宗痛感日軍指揮散漫、戰(zhàn)斗力低下，便三令五申整飭軍律，進(jìn)一步強(qiáng)化“異國(guó)警備番役”制度，北條時(shí)宗在公元1280年年底的一份幕府法令中警告說(shuō)：“蒙古異賊等明年四月可襲來(lái)云 近年守護(hù)御家人 多以不和之間，無(wú)同心儀之由 不顧天下大難，甚不忠也，御家人已下軍兵者，隨守護(hù)之命，可致防戰(zhàn)之忠 相互以背仰者，永可被處不忠之重科 ”
北條時(shí)宗屢次勸諭，他對(duì)將軍們的要求與忽必烈如出一轍：希望各方面能夠放棄內(nèi)訌，精誠(chéng)團(tuán)結(jié)。
按照元軍的既定作戰(zhàn)計(jì)劃，東路軍于5月3日從高麗出發(fā)，順風(fēng)抵日，第一部作戰(zhàn)目標(biāo)仍然是攻取對(duì)馬島和壹岐島。
東路軍在日軍干擾下完成登陸，以大炮首攻，騎兵沖鋒，附以弓弩，日軍敗退，其將領(lǐng)少貳資時(shí)戰(zhàn)死。5月21日，元軍占領(lǐng)對(duì)馬島、壹岐島。
元軍二度來(lái)襲、日軍臨陣敗退的消息很快傳至京都，朝野上下再次陷入慌亂境地，一時(shí)間人心惶惶，京都官民瘋狂儲(chǔ)備糧食，以致無(wú)米可買。
日本后宇多天皇得到消息后在神宮整整祈禱七天七夜，龜山上皇則派人到伊勢(shì)神宮許愿“愿意殉身以代國(guó)難”。
幕府執(zhí)權(quán)北條時(shí)宗得知戰(zhàn)況的時(shí)間稍晚，他問(wèn)計(jì)于南宋赴日僧人祖元大師，祖元要求他“血書(shū)大經(jīng)”，北條時(shí)宗立即刺破手指以血寫(xiě)經(jīng)祈禱。這種行為對(duì)于戰(zhàn)爭(zhēng)的進(jìn)展表面上看沒(méi)有關(guān)系，卻能最大限度地凝聚本國(guó)民心。這大概就是宗教的厲害之處。
另一方面，面對(duì)元軍的繼續(xù)推進(jìn)，日軍也加緊了防守部署。參加過(guò)上一次抗蒙戰(zhàn)爭(zhēng)的藤原經(jīng)資依然任九州地區(qū)戰(zhàn)事總指揮，他動(dòng)員了約四萬(wàn)武士守衛(wèi)沿海石壘陣地，甚至連其老父都披甲參戰(zhàn)。此外，四國(guó)等地的武士約六萬(wàn)人也被緊急動(dòng)員，以作為后續(xù)兵力補(bǔ)充前線。
顯然，元軍二次東征所面對(duì)的抵抗要超過(guò)第一次。
東路軍在首戰(zhàn)告捷之后，按照早先的部署，應(yīng)于此地等候南路軍會(huì)師。
洪荼丘、忻都等將領(lǐng)，有搶功突進(jìn)的沖動(dòng)。并且他們從捉到的日本島民口中得知，日本已于太宰府西部六十里處進(jìn)行戰(zhàn)備布置。東路軍立即將這一情報(bào)向位于高麗合浦的“征收日本行中書(shū)省”做了匯報(bào)，認(rèn)為無(wú)軍應(yīng)該乘日軍布置未備之時(shí)乘勝進(jìn)擊。日本行省很可能默認(rèn)了這一計(jì)劃。
東路軍沒(méi)有再等待江南軍的到來(lái)，而是先繞過(guò)對(duì)馬和壹岐，于6月6日南下進(jìn)攻博多灣。
由于鐮倉(cāng)幕府早在首次遭受蒙古來(lái)襲之后，就在博多沿岸構(gòu)筑了石堤等防御工事，而且有四萬(wàn)日本武士嚴(yán)加守衛(wèi)，元軍很難找到合適的登陸地點(diǎn)，于是轉(zhuǎn)而進(jìn)軍守備相對(duì)薄弱的志賀島。
志賀島地形狹窄，使得元朝大軍團(tuán)難以發(fā)揮優(yōu)勢(shì)，反而使得日本武士單兵作戰(zhàn)習(xí)慣的優(yōu)勢(shì)得以發(fā)揮。元軍在志賀這個(gè)小島沒(méi)有取得任何實(shí)質(zhì)性進(jìn)展。
當(dāng)天夜里，日軍借助夜色對(duì)停泊在志賀島沿海的元軍船只發(fā)起襲擾，且偷襲成功，焚船而逃。
元軍自此加強(qiáng)了戒備。
日方的偷襲不但不能奏效，反而導(dǎo)致本國(guó)武士死傷慘重，隨即下令停止夜襲。但是像伊豫國(guó)御家人河野通有這樣的頑強(qiáng)武士仍舊堅(jiān)持連續(xù)襲擾元軍。
6月7日黃昏時(shí)分，河野通有帶著兩艘小船對(duì)元軍船只發(fā)起自殺式突襲。偷襲行動(dòng)被元艦發(fā)現(xiàn)之后，一時(shí)間矢石如雨，河野通有五名部下立時(shí)橫尸船頭，其伯父也在隨后的戰(zhàn)斗中負(fù)箭身亡，河野通有本人則被石弩擊中。
接下來(lái)的幾天里，元日兩軍繼續(xù)發(fā)揮各自己的優(yōu)勢(shì)進(jìn)行對(duì)壘。面對(duì)大軍壓境，日軍不能將元軍逐出志賀島及其附近海域，但是元軍也未能成功突破日軍防線，登陸該島。雙方陷入了膠著狀態(tài)。
日本《八幡愚童訓(xùn)》記載：“六日至十三日，晝夜合戰(zhàn)不休”。